Origen del perfil de mutaciones presente en las secuencias de SARS-CoV-2 en El Salvador

Resumen

Introducción. En el presente trabajo se describe el perfil de mutación y se analizan los distintos mecanismos responsables de las mutaciones en las primeras 6 secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños con diagnóstico de COVID-19. Objetivo. Analizar el perfil de mutaciones de acuerdo a los mecanismos que dan origen a las mutaciones presentes en SARS-CoV-2. Metodología. Se realizó un análisis de los cambios en las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 utilizando como referencia la secuencia Wuhan (NC_045512.2), una vez conocidas las mutaciones, se procedió a tabular y generar gráficos de los SNPs y los genes afectados, además se analizó los posibles mecanismos descritos responsables de generar las mutaciones analizadas. Resultados. El análisis reveló que las mutaciones encontradas han sido reportadas a nivel mundial, sin embargo, las secuencias presentan mayor semejanza con los cambios descritos en Norte América, sumado a ello, el análisis global permitió clasificarlas en el caldo GISAID GH, y linaje pangolín B.1.2 y B.1.370, ambos linajes con una alta prevalencia en EUA, lo cual refuerza la hipótesis del origen norteamericano de las secuencias salvadoreñas. El patrón de cambios del genoma de SARS-CoV-2 en El Salvador, sugiere que las mutaciones son debidas a la acción de las desaminasas APOBEC (transición C>T) y ADARs (transición A>G), al efecto de especies reactivas de oxígeno (ROS) (transversión G>T), a errores propios del complejo replicación transcripción (RTC) que escapan a la corrección de la actividad exonucleasa de NSP14 y eventos de recombinación.